La Asamblea General Ordinaria -y extraordinaria- de Representantes de las Organizaciones miembros es la máxima autoridad de la ANIVID. Ésta se reúne de forma anual para tratar los asuntos políticos y administrativos de la organización y, para elegir a las y los miembros de la Comisión Directiva, que llevará adelante el mandato de la Asamblea.

La Comisión Directiva está integrada por diez personas, cinco por región (Oriental-Occidental) y de entre ellos, uno funge de presidente o presidenta, según resulte la elección. Los cargos de la comisión directiva son los siguientes y actualmente están representados por las personas nombradas:

1) Coordinadora General: María Luisa Duarte

2) Secretario/a de Organización: Ángela Sales

3) Secretario/a de Actas y Documentaciones: Ana Romero

4) Secretario/a de Finanzas: David Romero

5) Secretario/a de Tierra y Territorio: Dionicio Gauto Benítez

6) Secretario/a de Juventud: Gloria Benítez

7) Secretario/a de Mujeres: Elizabeth Ramírez

8) Secretario/a de Educación, Cultura y Salud Indígena: Digna Morilla

9) Secretario/a de Comunicación: Vidal Servín

10) Secretario/a de Formación y Capacitación: Mario Rivarola