La Asamblea General Ordinaria -y extraordinaria- de Representantes de las Organizaciones miembros es la máxima autoridad de la ANIVID. Ésta se reúne de forma anual para tratar los asuntos políticos y administrativos de la organización y, para elegir a las y los miembros de la Comisión Directiva, que llevará adelante el mandato de la Asamblea.
La Comisión Directiva está integrada por diez personas, cinco por región (Oriental-Occidental) y de entre ellos, uno funge de presidente o presidenta, según resulte la elección. Los cargos de la comisión directiva son los siguientes y actualmente están representados por las personas nombradas:
1) Coordinadora General: María Luisa Duarte
2) Secretario/a de Organización: Ángela Sales
3) Secretario/a de Actas y Documentaciones: Ana Romero
4) Secretario/a de Finanzas: David Romero
5) Secretario/a de Tierra y Territorio: Dionicio Gauto Benítez
6) Secretario/a de Juventud: Gloria Benítez
7) Secretario/a de Mujeres: Elizabeth Ramírez
8) Secretario/a de Educación, Cultura y Salud Indígena: Digna Morilla
9) Secretario/a de Comunicación: Vidal Servín
10) Secretario/a de Formación y Capacitación: Mario Rivarola